Centralne części wysp rezerwatu pokryte są przez zwięzłe gleby piaszczysto-gliniaste i gliniaste, natomiast na brzegach wysp zalęgają złoża torfu. Te żyzne siedliska porośnięte są przez zróżnicowaną roślinność. Generalnie można stwierdzić, że obecny obraz roślinności rezerwatu został ukształtowany przez postępujące tu od 20 lat procesy regeneracji roślinności i sukcesji wtórnej. Jeszcze w latach 70. na Wyspie Pierskiej, a wcześniej także na innych wyspach, prowadzony był wypas bydła, a wyspy te w dużej mierze pokryte były pastwiskami.

Jeden z wielu dorodnych głogów jednoszyjkowych na wyspie Pierskiej. Fot. Paweł Śliwa

      Cały niemal obszar mineralnych trzonów wysp porasta mozaika zbiorowisk zaroślowych i inicjalnych postaci lasów. Jednak poszczególne wyspy mniej lub bardziej wyraźnie różnią się od siebie szatą roślinną. Przykładowo wyspa Pierska w ponad połowie pokryta jest przez gęste zarośla głogu jednoszyjkowego (Crataegus monogyna). Dużą powierzchnię tej Wyspy zajmują też zarośla szakłaka pospolitego (Rhamus catharticus) oraz derenia świdwy (Cornus sanguinea), czy bzu czarnego (Sambucus nigra). Zupełnie inaczej wygląda Wyspa Bytyńska. Praktycznie w całości porośnięta jest kilkudziesięcioletnimi drzewami, głównie brzozami brodawkowatymi (Betula pendula), olszami czarnymi (Alnus glutinosa), wierzbami (Salix spp.), topolami białymi (Populus alba) i jesionami (Fraxinus excelsior). Gęste podszycie tworzą wspomniane już zarośla szakłakowo-dereniowe, bez czarny i jeżyny (Rubus spp.). Ciekawie wygląda Wyspa Komorowska. Wnętrze wyspy to płaski obszar wyniesiony kilka metrów na lustro wody, porośnięty przez roślinność zielną, złożoną głównie z pokrzyw (Utrica dioica) i przytuli czepnej (Galium aparine), a tylko gdzie niegdzie występują kępy bzy czarnego. Natomiast stromy brzeg wyspy zajęty jest przez zbiorowiska leśne. Są to fragmenty lasów, które stanowią stadia regeneracyjne łęgu wiązowo-jesionowego z licznymi, potężnymi topolami białymi. Na wyspie rośnie też kilka starych dzikich grusz (Pyrus communis), z obwodem pnia ponad 200 cm. Wyspy: Witkowicka, Ostrówek i Mała Komorowska porośnięte są przez inicjalne postacie łęgu wiązowo-jesionowego. W przypadku ostatniej wyspy w ostatnich kilku latach zaobserwowano masowe zamieranie drzew na skutek szkodliwego działania odchodów kormoranów, które upodobały sobie ją na odpoczynek.

      Wzdłuż brzegów wysp wykształciły się wysokie szuwary utworzone z trzciny (Phragmites communis) oraz pałki szerokolistnej (Typha latifolia), które miejscami na wyspach: Pierskiej i Bytyńskiej mają kilkanaście metrów szerokości. Ponadto w pobliżu Wyspy Komorowskiej znajduje się niewielka wysepka trzcinowa o powierzchni około 200 m². We florze rezerwatu występują także rośliny naczyniowe objęte częściową ochroną prawną. Są to np. pierwiosnka lekarska (Primula veris), która wręcz masowo występuje na Wyspie Pierskiej, oraz kalina koralowa (Viburnum opulus) rosnąca głównie na Wyspie Bytyńskiej i Komorowskiej. W rezerwacie stwierdzono także takie ciekawe gatunki, jak: nawrot lekarski (Lithospermum officinale), trzcinnik prosty (Calamagrostis stricta) czy starzec błotny (Senecio congestus). Na wyspach spotkano także takie ginące gatunki, jak: przetacznik wodny (Veronica catenata), centuria nadobna (Centaurium pulchellum) i inne. Najprawdopodobniej z istnieniem znajdujących się w rezerwacie grodzisk należy wiązać występowanie na wyspach dużej liczby archeofitów - roślin, które stanowią relikty dawnych (średniowiecznych) upraw. Są to np. pieprzyca siewna (Lepidium sativum), ślaz zygmarek (Malva alcea), kocimiętka właściwa (Nepeta cataria), czosnek wężowy (Allium scorodoprasum) i ostrzeń pospolity (Cynoglossum vulgare).

Fragment wyspy Komorowskiej. Fot. Paweł Śliwa

Jedna ze starych dzikich grusz na Wyspie Komorowskiej. Fot. Paweł Śliwa

      Chronione rośliny to grążel żółty (Nuphar luteum) i grzybienie białe (Nymphaea alba), które występują jednak w niewielkiej liczbie w kilku miejscach akwenu. Całe Jezioro Bytyńskie otoczone jest pasem szuwaru trzcinowego, którego szerokość miejscami dochodzi do 10 m. Za pasem tym zaczynają się pola uprawne, a od strony wschodniej zbiornika - łąki. To na nich rosną m.in. chronione storczyki krwiste (Dactylorhiza incernata)

Głównym sponsorem projektu jest Globalny Fundusz ochrony Środowiska GEFSGP UNDP oraz Unia Europejska. Projekt realizowany jest także przy współpracy i wsparciu finansowym Urzędu Gminy w Kaźmierzu oraz Gospodarstwa Rolnego "Avena" w Piersku.